Le projet CALYPSO est issu de travaux et réflexions relatifs au concept de "clinique fondamentale", c'est à dire de l'étude des fondements de l'étude des manifestations cliniques. En effet en s'intéressant aux définitions et aux origines des signes et symptômes en psychiatrie, on s'aperçoit rapidement que le modèle clinique psychiatrique s'est développé, au moins en France, sur le modèle de la sémiologie médicale dans le contexte de la méthode anatomo-clinique. Cette méthode postule qu'il existe une relation de cause à effet entre les lésions constatées chez le cadavre et les manifestations cliniques. Mais le postulat anatomo-clinique ne semble pas s'appliquer aux troubles psychiatriques. Les fondements épistémologiques de la clinique psychiatrique peuvent donc paraître fragiles.

Malgré ces critiques, le diagnostic et l’évaluation des troubles psychiatriques sont, à l'heure actuelle encore, entièrement cliniques, c’est-à-dire qu’ils reposent uniquement sur l’expertise du médecin à détecter et repérer les symptômes. Le médecin peut s’appuyer sur des échelles standardisées pour obtenir une évaluation plus complète mais cette procédure est peu appliquée en routine et en pratique clinique quotidienne en raison de son caractère chronophage. Il n’existe pas à l’heure actuelle d’examens complémentaires (ex : prise de sang ou imagerie cérébrale) permettant une confirmation diagnostique, pronostique ou d’évaluation de la sévérité des troubles psychiatriques. Ainsi, il devient urgent et essentiel de trouver un moyen de réaliser une évaluation clinique facile et objective, permettant d’évaluer le comportement, les émotions voire les cognitions des patients afin d’améliorer la précision du diagnostic et de réaliser des actions thérapeutiques potentielles.